اليوم 1 من 30 — أساسيات الميكروبيولوجي والفحوصات المخبرية Day 1 of 30 — Microbiology Basics & Laboratory Testing and Diagnostics

الجراثيم بدائية النواة (Prokaryotic): لا نواة مرئية، ولا غلاف نووي غشائي، ولا عضيات محاطة بغشاء مثل الميتوكوندريا. تحمل جزيء DNA حلقيًا مفردًا، وقد تحمل بلازميدات (Plasmids) تحمل جينات المقاومة.

Bacteria are prokaryotic: they have no visible nucleus, no membrane-bound nuclear envelope, and no membrane-bound organelles such as mitochondria. They carry a single circular DNA molecule, and may in addition carry plasmids, which can carry antimicrobial resistance genes.

الاسم العلمي ثنائي: الجنس (Genus) ثم النعت النوعي (specific epithet) — مثل Staphylococcus aureus. يُكتب مائلًا. الجنس يُستخدم وحده، أما النعت النوعي فلا يُستخدم وحده أبدًا — مصيدة اختبارية.

Scientific names are binomial: the genus followed by the specific epithet — for example Staphylococcus aureus — and are written in italics. The genus name may be used alone, but the specific epithet is never used by itself — a classic exam trap.

الشكل والترتيب Shape and Arrangement

الأبواغ الداخلية Endospores

عند نفاد المغذيات، تتحول أجناس مثل Clostridium وBacillus إلى أبواغ داخلية (Endospores): تتحمل الماء المُسخّن فوق درجة الغليان، ومقاومة للجفاف وللمواد الكيميائية القاسية، وتنتشر مع الغبار. هذا سبب صعوبة تنظيف المعدات الطبية، وسبب أن المطهر الكحولي لا يكفي مع C. difficile.

When nutrients are exhausted, genera such as Clostridium and Bacillus convert into endospores: they survive water heated above boiling temperature, resist desiccation and harsh chemicals, and are dispersed in dust. This is why medical equipment is difficult to clean, and why alcohol-based hand rub is not sufficient against C. difficile.

التكاثر والتنوع الجيني Reproduction and Genetic Diversity

التكاثر بـالانقسام الثنائي (Binary fission) — نحو 30 دقيقة لجيل واحد في كثير من الأنواع، أي تريليون جرثومة خلال ~20 ساعة لو توفّرت المغذيات. الخلايا البنوية متطابقة وراثيًا، والتنوع يأتي من الطفرات ومن النقل الأفقي للجينات بثلاث طرق يجب حفظها:

Bacteria reproduce by binary fission — approximately 30 minutes per generation in many species, which means a trillion organisms within about 20 hours if nutrients are available. Daughter cells are genetically identical; diversity arises from mutation and from horizontal gene transfer, by three mechanisms that must be memorized:

طوّرها الدنماركي Hans Christian Gram سنة 1884. أهم صبغة تفريقية في المختبر السريري. نتيجتها + شكل الخلية + ترتيبها تحدد: نوع الوسط الزرعي، وإجراءات التعريف، واختبارات الحساسية المطلوبة. وقد توجّه: جودة العينة، والعلاج التجريبي (Empiric)، والحاجة لاحتياطات العزل — مثال: مزدوجات سالبة الغرام في السائل الدماغي الشوكي ⇒ يُشتبه بالمكورات السحائية.

Developed by the Danish physician Hans Christian Gram in 1884, it is the single most important differential stain in the clinical laboratory. Its result, together with cell shape and arrangement, determines the type of culture medium, the identification procedures, and the susceptibility tests required. It may also guide specimen quality assessment, empiric therapy, and the need for isolation precautions — for example, Gram-negative diplococci in cerebrospinal fluid ⇒ suspect Neisseria meningitidis.

شدة الالتقاط (Avidity): الممرضات المعوية سالبة الغرام تلتقط السفرانين بقوة فتبدو حمراء زاهية؛ الزوائف (Pseudomonas) متوسطة؛ أما العصيات اللاهوائية ورقيقة الجدار مثل Borrelia وLegionella فتُصبغ بضعف وتبدو وردية باهتة.

Avidity: Gram-negative enteric pathogens take up safranin avidly and appear bright red; Pseudomonas species are intermediate; anaerobic and thin-walled bacilli such as Borrelia and Legionella stain weakly and appear pale pink.

أنواع المجاهر Microscope Types

• الحقل الساطع (Bright-field): ضوء مرئي — الأكثر استخدامًا؛ العدسة القريبة من العين هي العينية (ocular).Bright-field: uses visible light — the most widely used; the lens nearest the eye is the ocular.
• الحقل المظلم (Dark-field): الأجسام تبدو مضيئة على خلفية سوداء — لفحص عينات طازجة مثل اللولبيات (Treponema).Dark-field: objects appear bright against a black background — used to examine fresh specimens such as spirochetes (Treponema).
• تباين الطور (Phase-contrast): فحص مباشر للخلايا الحية دون صبغ.Phase-contrast: direct examination of living cells without staining.
• الفلوري (Fluorescent): مصدر الطاقة أشعة فوق بنفسجية — للأجسام المضادة المُوسَمة.Fluorescent: the energy source is ultraviolet light — used with labeled antibodies.
• الإلكتروني (Electron): مصدر الطاقة حزمة إلكترونات — تكبير هائل لرؤية الفيروسات، لكن مكلف جدًا ولذلك محدود الاستخدام السريري.Electron: the energy source is a beam of electrons — magnification high enough to visualize viruses, but very expensive, so its clinical use is limited.

المزرعة النقية (Pure culture) هي مجموعة متحدّرة من خلية واحدة، وتُحصَّل بطبق التخطيط (Streak plate). اختيار الوسط يعتمد على: موقع الزرع، ومتطلبات نمو الممرض المشتبه، واحتمال وجود الفلورا الطبيعية.

A pure culture is a population descended from a single cell, obtained using a streak plate. Selection of the medium depends on the site being cultured, the growth requirements of the suspected pathogen, and the likely presence of normal flora.

متطلبات الأكسجين Atmospheric Requirements

الحضن: معظم المزارع عند 35°م (حرارة الجسم)، بعضها بحرارة الغرفة وبعضها عند 42°م؛ عادة ليلة واحدة، وبعض الجراثيم تحتاج أطول. المتفطرات قد تحتاج أسابيع.

Incubation: most cultures are held at 35°C (body temperature), some at room temperature and some at 42°C; usually overnight, though some organisms require longer. Mycobacteria may require weeks.

خصائص تعريف المستعمرة: الحجم، القوام (خشن/أملس)، الحافة (متموجة/ريشية)، اللون، وتفاعلها مع الوسط التفريقي (مثل تخمير اللاكتوز)، إضافة إلى تفاعل الصبغات والاختبارات الكيموحيوية السريعة (كاتالاز، أوكسيداز، تخثّر الپلازما Coagulase).

Colony identification characteristics: size, consistency (rough or smooth), edge (undulate or filamentous), color, and the reaction with a differential medium (such as lactose fermentation), together with staining reactions and rapid biochemical tests (catalase, oxidase, coagulase).

مصادر الكائنات Sources of Microorganisms

أحيانًا لا يكون الفصل حادًا: بعض الممرضات تُكتسب أولًا كمستعمِرة ثم تُمرض لاحقًا — مثل Pneumococcus يُكتسب من مضيف آخر فيستعمر البلعوم ثم يسبب التهاب رئة.

The distinction is not always sharp: some pathogens are first acquired as colonizers and cause disease later — for example, pneumococcus is acquired from another host, colonizes the pharynx, and then causes pneumonia.

العينة المُختارة أو المجموعة أو المنقولة بشكل خاطئ تُنتج بيانات مضلّلة قد تؤدي لتدبير خاطئ للمريض — ولذلك سوء الجمع والنقل سبب معتمد لرفض العينة. القاعدة: كل العينات تُجمع بتقنية معقّمة وفي حاوية معقّمة، وبعضها يُوضع مباشرة في وسط الزرع (زرع الدم، المزارع التناسلية)، واللاهوائيات تحتاج مناولة خاصة.

A specimen that is improperly selected, collected, or transported produces misleading data that may lead to mismanagement of the patient — which is why improper collection and transport is an accepted specimen rejection criterion. The rule: all specimens are collected using aseptic technique into a sterile container; some are placed directly into culture medium (blood cultures, genital cultures), and anaerobes require special handling.

الإرشادات الأربعة عشر — أهمها للاختبار Key points from Table 24-3

1. اجمع من الموقع الذي يُرجَّح وجود العامل المسبب فيه.Collect from the site most likely to contain the causative agent.
2. اجمع في الوقت الأمثل — مثال الكتاب: بلغم الصباح الباكر للعصيات الصامدة للحمض (AFB).Collect at the optimal time — the text's example: an early-morning sputum for acid-fast bacilli (AFB).
3. اجمع المزارع قبل إعطاء المضادات الحيوية كلما أمكن.Collect cultures before antimicrobials are administered whenever possible.
4. اجمع حجمًا كافيًا — الكمية غير الكافية تُعطي نتائج سلبية كاذبة.Collect an adequate volume — an insufficient quantity yields false-negative results.
5. قلّل أو امنع تلوث العينة بالفلورا الموضعية لتكون ممثِّلة للموقع المصاب.Minimize or prevent contamination of the specimen with indigenous flora so that it is representative of the infected site.
6. استخدم أدوات جمع وأوساط نقل وحاويات معقّمة غير مسرّبة.Use sterile, leak-proof collection devices, transport media, and containers.
7. عنون العينة بدقة مع الموقع التشريحي المحدد (مثال الكتاب: دم مسحوب من اللمعة الزرقاء للقسطرة المركزية تحت الترقوة اليمنى) — لأن المختبر يختار طريقة المعالجة والوسط بناءً عليه.Label the specimen accurately with the specific anatomic site (the text's example: blood drawn from the blue lumen of a right subclavian central line) — because the laboratory selects the processing method and the medium on that basis.
8. إذا كان السحب عبر جلد سليم: نظّف الجلد بـكحول 70% ثم محلول يودي (بوفيدون-أيودين) أو كلورهكسيدين-كحول؛ وإن استُخدم اليود أزل الفائض بعد الجمع.If drawing through intact skin: prepare the skin with 70% alcohol followed by an iodophor (povidone-iodine) or chlorhexidine-alcohol; if iodine is used, remove the residual iodine after collection.
9. وجّه المريض بوضوح إن كان سيجمع عينته بنفسه (بول نظيف الالتقاط، براز).Give the patient clear instructions if they will collect their own specimen (clean-catch urine, stool).
10. سلّم العينة فورًا — التأخير يُفسدها.Deliver the specimen promptly — delay compromises it.

مؤشر جودة البلغم: كثرة الخلايا الظهارية الحرشفية (Squamous epithelial cells) في الفحص المجهري المباشر تدل على أن العينة لعابية من البلعوم الفموي لا من السبيل التنفسي السفلي ⇒ عينة غير ممثِّلة تُرفض ويُطلب بديلها. الصبغة المباشرة إذن أداة لتقييم جودة العينة وليست للتشخيص فقط.

Sputum quality indicator: abundant squamous epithelial cells on direct microscopy indicate that the specimen is saliva from the oropharynx rather than material from the lower respiratory tract ⇒ the specimen is not representative, is rejected, and a replacement is requested. The direct stain is therefore also a tool for assessing specimen quality, not only for diagnosis.

الجهات: تنظيمية — CMS (وفيها برنامج CLIA)، OSHA، CDC، FDA، والجهات الولائية. اعتمادية — The Joint Commission، AABB، CAP. ومطوّرة للمعايير — CLSI.

Agencies: regulatory — CMS (which administers CLIA), OSHA, CDC, FDA, and state agencies. Accrediting — The Joint Commission, AABB, and CAP. Standards-developing — CLSI.

أغراض الفحوص الثلاثة The Three Purposes of Tests

• المسح (Screening): لكشف المرض لدى أشخاص بلا أعراض في مجموعات كبيرة. سمته: حساسية سريرية عالية لكنه يحتاج تأكيدًا بسبب نوعيته المنخفضة.Screening: to detect disease in asymptomatic people in large groups. Its hallmark: high clinical sensitivity, but it requires confirmation because of its low specificity.
• التأكيد (Confirmation): بعد مسح إيجابي، لضمان صحة النتيجة وتأكيد وجود الحالة — يُختار فحص عالي النوعية.Confirmation: after a positive screen, to verify the result and confirm that the condition is present — a test with high specificity is selected.
• التشخيص (Diagnosis): لتقييم شخص يُشتبه بإصابته بالمرض.Diagnosis: to evaluate a person suspected of having the disease.

مثال الكتاب الكامل: فحص RPR مسح للزهري (Treponema pallidum) يكشف أضدادًا غير نوعية، وقد يُعطي إيجابيات كاذبة بسبب التفاعل المتصالب مع: النكاف والحصبة والتهاب الكبد، والسل والبروسيلا والتهاب الشغاف، والتطعيمات، والحمل، والتهاب المفاصل الرثوي. لذلك يُؤكَّد الإيجابي بفحص عالي النوعية: TPHA أو FTA-ABS أو CAPTIA syphilis-G.

The text's full example: the RPR is a screening test for syphilis (Treponema pallidum) that detects non-specific antibodies and may give false positives from cross-reactivity with: mumps, measles, and hepatitis; tuberculosis, brucellosis, and endocarditis; vaccination; pregnancy; and rheumatoid arthritis. A positive result is therefore confirmed with a highly specific test: TPHA, FTA-ABS, or CAPTIA syphilis-G.

التشخيص القاطع للأمراض المعدية يتحقق بأربع طرق:

Definitive diagnosis of infectious disease is achieved in four ways:

1. إثبات وجود العامل المعدي: برؤيته مباشرة في العينة (مثل Plasmodium falciparum داخل الكريات الحمر)، أو بكشف مستضداته أو مادته الوراثية (مثل مستضد سطح التهاب الكبد B)، أو باستعادته في مزرعة.Demonstrating the presence of the infectious agent: by visualizing it directly in the specimen (such as Plasmodium falciparum within red blood cells), by detecting its antigens or its genetic material (such as hepatitis B surface antigen), or by recovering it in culture.
2. كشف نواتج نوعية ينتجها العامل (مثل ذيفان Clostridium difficile في البراز).Detecting specific products produced by the agent (such as Clostridium difficile toxin in stool).
3. كشف الاستجابة المناعية (تفاعل مستضد-ضد) في مصل المريض (مثل ضد سطح التهاب الكبد B).Detecting the immune response (an antigen–antibody reaction) in the patient's serum (such as hepatitis B surface antibody).
4. كشف العامل بتقنيات تهجين وتضخيم الحمض النووي.Detecting the agent by nucleic acid hybridization and amplification techniques.

الفحص المباشر Direct Examination

• صبغة الغرام: أكثر إجراء يُنفَّذ لفحص العينة السريرية مباشرة بحثًا عن جراثيم أو فطريات.Gram stain: the most frequently performed procedure for examining a clinical specimen directly for bacteria or fungi.
• النسيجي/الخلوي (Histology/Cytology): مفيد لتشخيص عدوى بعوامل يصعب أو يستحيل زرعها — يُرى العامل مباشرة أو يُستدل عليه بالضرر الخلوي المميز. أمثلة: الشعيات، الكلاميديا، الفيروس المضخم للخلايا، الحلأ التناسلي، الجيارديا، الهستوبلازما، الجذام، الورم الحبيبي اللمفي التناسلي، الحصبة.Histology/Cytology: useful for diagnosing infection with agents that are difficult or impossible to culture — the agent is either seen directly or inferred from characteristic cellular damage. Examples: actinomycosis, chlamydia, cytomegalovirus, genital herpes, giardiasis, histoplasmosis, leprosy, lymphogranuloma venereum, and measles.
• التحضير الرطب (Wet mount): فحص عينة طازجة. أمثلة: البلغم للعناصر الفطرية، البراز لليرقات والديدان والبيوض والكيسات، السائل الدماغي الشوكي لـCryptococcus neoformans، الإفرازات المهبلية لـTrichomonas vaginalis، رسابة البول للكريات البيض والجراثيم والخمائر. تُضاف كواشف: هيدروكسيد البوتاسيوم 10%، يود لوغول، الكالكوفلور الأبيض، حبر الهند، أزرق الميثيلين لوفلر.Wet mount: examination of a fresh specimen. Examples: sputum for fungal elements; stool for larvae, worms, ova, and cysts; cerebrospinal fluid for Cryptococcus neoformans; vaginal discharge for Trichomonas vaginalis; urine sediment for white blood cells, bacteria, and yeast. Reagents that may be added: 10% potassium hydroxide (KOH), Lugol's iodine, calcofluor white, India ink, and Loeffler methylene blue.

الفحوص الجزيئية Molecular Diagnostic Testing

PCR أول فحص طُوِّر بطريقة تضخيم الحمض النووي وأوسعها استخدامًا. جميع الفحوص الجزيئية معرّضة للإيجابيات الكاذبة لحساسيتها للتلوث من تضخيم سابق أو من عينة أخرى أو من مادة الضبط الإيجابية. إجراءات المنع: تجنّب رذاذ العينات، فتح عينة واحدة في كل مرة، الطرد المركزي النبضي، أنابيب لولبية الغطاء بدل القابسة، تنظيف منطقة العمل بالكلور، واستخدام رؤوس ماصّات بحاجز هوائي.

PCR was the first nucleic acid amplification test developed and is the most widely used. All molecular tests are prone to false positives because of their sensitivity to contamination from a previous amplification, from another specimen, or from the positive control material. Preventive measures: avoid aerosolizing specimens, open only one specimen at a time, use pulse centrifugation, use screw-cap rather than snap-cap tubes, clean the work area with bleach, and use aerosol-barrier pipette tips.

ميزة جزيئية مهمة: DNA الـC. trachomatis وN. gonorrhoeae يبقى ثابتًا على مسحات جافة لأسبوع؛ ويمكن كشف الحمض النووي بعد بدء العلاج (لأن العلاج يقتل الكائن لكن لا يمحو حمضه النووي فورًا) — وهذا يفسّر لماذا لا يُستخدم الـ NAAT لإثبات الشفاء مبكرًا. لكن الانتقال الكامل للجزيئي في علم الجراثيم محدود بالحاجة لاختبار الحساسية على العزلات.

An important molecular advantage: C. trachomatis and N. gonorrhoeae DNA remains stable on dry swabs for a week, and nucleic acid can be detected after treatment has begun (because treatment kills the organism but does not immediately clear its nucleic acid) — which is why NAAT is not used as an early test of cure. However, a complete transition to molecular methods in bacteriology is limited by the need for susceptibility testing on isolates.

تحليل السائل الدماغي الشوكي CSF Analysis

أربعة مكوّنات أساسية: اللون والصفاء، البروتين، الغلوكوز، وتعداد الكريات البيض مع التفريق. الطريقة الموصى بها للتعداد التفريقي هي الطرد المركزي الخلوي (Cytocentrifugation).

Four core components: color and clarity, protein, glucose, and white blood cell count with differential. The recommended method for the differential count is cytocentrifugation.

تعداد الدم الكامل Complete Blood Count

• كثرة الكريات البيض (Leukocytosis): تعداد > 10,000 — يدل عادة على عدوى أو التهاب أو ورم أرومي لمفاوي. وفي الإنتان قد يرتفع لمستويات تشبه ابيضاض الدم = تفاعل شبيه بابيضاض الدم (Leukemoid reaction).Leukocytosis: a count > 10,000 — usually indicates infection, inflammation, or lymphoblastic malignancy. In sepsis it may rise to leukemia-like levels = a leukemoid reaction.
• قلة الكريات البيض (Leukopenia): تعداد < 4,000 — في العدوى الساحقة، الإيدز، التهاب الكبد الفيروسي، كثرة الوحيدات، وداء الفيالقة.Leukopenia: a count < 4,000 — seen in overwhelming infection, AIDS, viral hepatitis, mononucleosis, and legionnaires' disease.
• الانزياح لليسار (Left shift): ظهور العدلات غير الناضجة (خلايا عصوية Bands) في الدوران — دليل على عدوى جرثومية حادة. وظيفة العدلة الأساسية البلعمة.Left shift: the appearance of immature neutrophils (bands) in the circulation — evidence of acute bacterial infection. The neutrophil's primary function is phagocytosis.
• ارتفاع اللمفاويات: السعال الديكي، الزهري، داء المقوسات. واللمفاويات اللانمطية ذات الهيولى الرغوية: عدوى فيروسية (CMV، كثرة الوحيدات العدوائية).Elevated lymphocytes: pertussis, syphilis, and toxoplasmosis. Atypical lymphocytes with foamy cytoplasm indicate viral infection (CMV, infectious mononucleosis).
• ارتفاع الوحيدات: فيروس إبشتاين-بار، السل، التهاب الشغاف الجرثومي تحت الحاد، الزهري، والريكتسيات الأوالي.Elevated monocytes: Epstein-Barr virus, tuberculosis, subacute bacterial endocarditis, syphilis, and rickettsial and protozoal infections.
• ارتفاع الحمضات: عادة أرجية، وترتفع في العدوى الطفيلية وأحيانًا الجذام والسل والفطريات الجهازية والحمى القرمزية.Elevated eosinophils: usually allergic in origin, and raised in parasitic infection and sometimes in leprosy, tuberculosis, systemic fungal infection, and scarlet fever.

فحوص أخرى Other Tests

ملاحظتان: اختبار الحساسية لا يُجرى روتينيًا للاهوائيات؛ واختبار الحساسية للفيروسات والفطريات يُجرى عادة في مختبرات مرجعية وغالبًا غير مقنّن.

Two notes: susceptibility testing is not performed routinely on anaerobes; antiviral and antifungal susceptibility testing is usually performed in reference laboratories and is often not standardized.

آليات المقاومة الأربع The Four Mechanisms of Resistance

1. تعطيل المضاد: إنتاج إنزيم مثل البيتالاكتاماز يحلّ حلقة البيتالاكتام (مثل: Staphylococcus ضد البنسلينات، P. aeruginosa ضد البنسلينات والسيفالوسبورينات والأزتريونام).Inactivation of the drug: production of an enzyme such as β-lactamase that hydrolyzes the β-lactam ring (for example, Staphylococcus against the penicillins, and P. aeruginosa against penicillins, cephalosporins, and aztreonam).
2. نفاذية منخفضة / نقص الالتقاط: مثل P. aeruginosa ضد الإيميبينيم.Decreased permeability / reduced uptake: for example, P. aeruginosa against imipenem.
3. الضخ للخارج (Efflux): طرد المضاد بعد دخوله الخلية.Efflux: pumping the drug back out after it has entered the cell.
4. تغيّر الهدف / ضعف الألفة: طفرات تغيّر بروتينات العنقوديات فلا يرتبط بها البنسلين — مثل Staphylococcus ضد الميثيسيلين وسائر البيتالاكتام، وS. pneumoniae ضد البنسلين والسيفالوسبورين.Altered target / reduced affinity: mutations alter staphylococcal proteins so that penicillin no longer binds — for example, Staphylococcus against methicillin and all β-lactams, and S. pneumoniae against penicillin and cephalosporins.

هذه الآليات قد تكون مشفّرة في جينات الخلية نفسها أو مكتسبة بالنقل الأفقي (اقتران، تنبيغ، تحول).

These mechanisms may be encoded in the cell's own genes or acquired by horizontal transfer (conjugation, transduction, transformation).

المختبر السريري محوري في وبائيات المستوطنات والفاشيات، ويسهم بـ:

The clinical laboratory is central to both endemic and outbreak epidemiology, contributing by:

• تأكيد هوية الكائنات.Confirming the identity of organisms.
• التعرّف على تجمّعات (Clusters) غير معتادة.Recognizing unusual clusters.
• كشف الكائنات غير المألوفة وأنماط الحساسية الشاذة.Detecting unusual organisms and aberrant susceptibility patterns.
• استرجاع البيانات الأرشيفية لتحديد المعدلات الخلفية للعزل — أي الإجابة على سؤال: هل هذه فاشية فعلًا؟Retrieving archival data to establish background rates of isolation — that is, answering the question: is this actually an outbreak?
• حفظ العزلات من الحالات المشتبهة لاختبار ما إذا كانت الكائنات متطابقة أو مترابطة.Saving isolates from suspected cases to test whether the organisms are identical or related.

طرق تحديد الترابط (Typing): التنميط الحيوي (Biotyping) بأنماط التفاعلات الكيموحيوية، التنميط المصلي (Serotyping)، مخطط الحساسية (Antibiogram)، التنميط بالعاثيات (Bacteriophage typing)، تحليل البلازميدات، الرحلان الكهربائي/PFGE، وRFLP بلطخة سذرن، والطرق المضخِّمة مثل PCR. الأحدث والأدق هي الطرق الجزيئية؛ وتحليل البلازميدات محدود لأن البلازميدات قد تُفقد أو تُكتسب.

Typing methods: biotyping (patterns of biochemical reactions), serotyping, antibiogram, bacteriophage typing, plasmid analysis, electrophoresis/PFGE, RFLP with Southern blot, and amplification-based methods such as PCR. The newest and most discriminating are the molecular methods; plasmid analysis is limited because plasmids may be lost or acquired.